下辖包括各二级学院团委、教工团总支在内的二级团组织17个，设组织宣传部、实践创新部、艺术教育中心三个科室，挂靠一个部门：红十字会。

盐城工学院团委紧紧围绕“组织青年、引导青年、服务青年、维护青少年合法权益”四项工作职能，立足青年学生思想引领和成长成才服务两项工作任务，围绕扩大团工作有效覆盖面和建成一流应用型大学的奋斗目标，坚持立德树人，坚持服务学生，坚持改革创新，努力建设好青年身边有深度、有宽度、有温度的共青团。在基层团组织建设、青年思想政治教育、社会实践、大学生创业就业、科技创新、志愿服务、学生社团建设、学生参与校园民主管理、校园文化建设等方面取得了显著成绩，得到了全校广大团员青年的积极认可和支持，也得到了学校党委和上级团组织的充分肯定。

近年来，校团委先后被共青团中央表彰为“全国五四红旗团委”、“大学生志愿服务西部计划全国优秀项目办”；连续七年被授予“江苏省大学生志愿服务苏北计划优秀组织奖”；连续七年在团省委组织的年度工作考核中获优秀等级。2013年，在第十三届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中，我校学生科技作品《全自动快速脱缆装置》荣获一等奖和交叉创新一等奖；2014年，在“创青春”全国大学生创业大赛创业实践挑战赛中，我校创业团队《上海巨尚电子商务有限公司》项目荣获金奖；2020年，在第十二届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛中，我校创业团队《绿林卫士——智能化树木养护一体机》项目荣获金奖；2015年和2018年，我校“梦之声”合唱团代表江苏参加全国第四届、第五届大学生艺术展演合唱比赛，获得全国一等奖。